CRISPR Biotechnology

Hintergrundinformationen – Aktuelle Entwicklungen – Ansprechpartner

Hier entsteht in Kürze ein Informationsportal über die CRISPR-Technologie und ihre Anwendungen in der roten, grünen und weißen Biotechnologie – für Experten und Interessierte.

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Das Schreiben und Lesen von Genomen in der modernen Biotechnologie

Die CRISPR-Technologie ermöglicht  das Umschreiben/Verändern von Genomen – wiedergespiegelt durch den Fachausdruck “Genome-Editing”.

Auf der anderen Seite erlauben sog. „dritte Genereration der Sequenzierungs-Technologien“ das Auslesen von kompletten Genomen – kostengünstig, schnell und technisch einfach.

Beide Technologien – vor allem ihre Kombination – ermöglicht der angewandten Biotechnologie die Umsetzung einer innovativen Idee zu einem fertigen, neuartigen Produkt in Rekordzeit.

Bspw.:

Mikroorganismen aus der Natur sammeln –> im Labor auf ihre Fähigkeit der Produktion eines industriellen Stoffes screenen –> Hit-Kanditaten sequenzieren –> Genom modifizieren –> Fermentation im Labormaßstab-> Transkriptomanalyse zur Analyse des Zellverhaltens während der Fermentation –> Prozessoptimierung/Genom-Modifikation mit Hilfe der erhaltenen Daten –> Fermentation im industriellen Maßstab und technologischen Begleitung der regulatorische Prozesse bei der Zulassung der produzierten Stoffe (Sicherheit des verwendeten Organismen und des Produktionsprozesses).

Inzwischen ist ein solches Szenario (von der Idee bis zu Vermarktung der biotechnologisch hergestellten Produkte in kurzer Zeit) keine Ausnahme mehr, sondern Alltag – mit geringen Kosten, wenig Aufwand und hoher Geschwindkeit.

An dieser Stelle werden einige bioinformatischen Tools vorgestellt, die uns bei verschiedenen Fragestellung weitergebracht haben. Um einige Beispiele vorab zu nennen:

  • DNA-Assemblierung: canu, spades, flye, unicycler, pilon, racon, samtools, prokka, bandage, busco
  • Transkriptomanalyse: bowtie2, bwa, tophat2, hisat2, spades (–rna option), cufflinks/cuffdiff und cummeRbund, htseq und DEseq2 bzw. DEBrowser
  • Spezielle Fragestellungen: Kraken2, ABRicate, ARIBA, blast+
  • Softwarepakete für Nanopore-Sequenzierung: wie innerhalb einer Stunde ein komplettes Genom sequenziert und u.a. mit Kombination der oben erwähnten Tools finalisiert und annotiert werden kann

 

crispr.de’s hammer v0.1
A python script for automating the design of  oligonucleotides for ribozyme-flanked sgRNAs

hammerv01Download hammer_v0.1

 

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Aktuelle Termine

Sondervorstellung der CRISPR-Doku “HUMAN NATURE” mit anschließendem Filmgespräch

Fr., 13.12. | 18:30 Uhr | Darmstadt Audimax der Technischen Universität Darmstadt
Sondervorstellung mit anschließendem Filmgespräch mit Prof. Petra Gehring (Philosophin und Vorsitzende der Ethikkommission der TU Darmstadt), Dr. Hildegard Kaulen (Wissenschaftsjournalistin, FAZ), Dr. Michael Krohn (Head R&D der BRAIN AG, Zwingenberg), Prof. Alexander Löwer (Genombiologe, TU Darmstadt), Dr. Ümit Pul (Molekularbiologe, EW Nutrition GmbH) und Prof. Ulrich Göringer (Molekulare Genetik, TU Darmstadt).

Details und Trailer: https://mindjazz-pictures.de/filme/human-nature/


Unsere Mission

CRISPR Phage Cas9 Technology Logo PulMachen Sie mit und bestimmen Sie gemeinsam mit uns die Ausrichtung, die Themen und Schwerpunkte von CRISPR.de:

Sind Sie Biotechnologe und benötigen Tipps&Tricks zur Genom-Editierung in humanen Zellen, Hefen/Pilze oder Bakterien?

Interessieren Sie sich für die biologische Funktion von diversen CRISPR-Systemen in Bakterien oder Archeen? Oder die Nutzung dieser internen CRISPR-Systeme für Metabolic Engineering?

Sie sind nicht Naturwissenschafler und möchten die Technologie, ihre Potentiale oder Risiken kennenlernen?

Sie sind auf der Suche nach detaillierten Informationen über die Technologie und wollen mehr über die molekularen Grundlagen  von CRISPR in der Gentherapie, Pflanzenzüchtung oder Gene Drive erfahren?

Dann schreiben Sie uns!


Einige unserer Pionierarbeiten auf diesem Gebiet finden Sie unter Publikationen&Patente.

 

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